В X-Cart 5 есть возможность при редактировании товара указать, требует ли он доставки, или нет. Если нет, то секция с адресом доставки и выбором метода доставки при оформлении заказа не показывается.
По поводу того, что изменения слетают при обновлении ядра - их необходимо оформлять в виде модулей, и тогда такой проблемы не будет. При обновлениях система будет предупреждать о возможной их несовместимости с новыми версиями, поэтому после обновления необходимо убедиться, что все по прежнему работает как нужно. Документация по разработке модулей для X-Cart 5 находится вот здесь:
http://kb.x-cart.com/ Также можно посмотреть несколько обзорных видео на русском языке (они про старые версии X-Cart 5, но многое применимо и сейчас):
https://www.youtube.com/user/xcartru/videos